1936年，峨眉山万年寺失火，大半殿宇被毁，并波及殊胜的普贤菩萨圣像，因条件不具而始终未得修复。
1939年3月，能海上师“赴峨嵋山礼普贤，于金顶烧护摩。接毗卢殿住持，另请清明师代理和尚”。[1]
1946年，“因峨山毗卢砖殿被焚，师嘱普超师筹修复，准备为普贤菩提萨埵装藏开光”。此前能海上师受邀至重庆讲经，民生轮船公司郑壁成先生折服于能海上师佛学高深，于是向能海上师表示愿为弘扬佛法尽点绵薄之力。能海上师答复若重庆居士善行布施，可为近慈寺捐铸一尊铜像，修复万年寺及为普贤圣像重新贴金。短短一月内，重庆佛弟子捐出预定款项。“能海上师将重建万年寺的事一一与普超师商量妥当，将款划至峨嵋。普超衔命回到峨嵋山，用了两年半的时间将火焚遗迹一一去掉，在砖殿侧新建了配殿和慈圣庵，又将被火熏后色彩剥落的普贤菩萨和他的坐骑白象一并修复、贴金傅彩。”[2]
“一九四九年春，普超先赴成都迎能海上师上峨嵋山。为万年寺普贤菩萨装经的三艘大柏木船，停靠在成都九眼桥锦江河畔，船上装有一百廿部藏经，为装经设坛、祭典、需用的经典、法器及其他物资。这批物资是由四川军政大员及佛门弟子捐赠的。”“经过两天水路到嘉定（乐山），早有数十匹骡马将经书等物送至峨嵋山下的圣积寺。普超法师雇了七十余名峨嵋背夫，一天一个来回，又把这些东西一背一背由圣积寺运往万年寺。途中七座庙宇从早到晚供应斋饭。对来自全国各大名山宝刹的僧侣参加普贤装经盛事都安排了挂搭之所。”“能海上师为峨嵋万年寺普贤装经的消息，早已传遍全川。涪陵天宝寺、重庆罗汉堂、剑阁梁山寺、绵竹西山云悟寺、乐山乌尤禅院等处，上千名高僧、居士日夜兼程，前往峨嵋参加这一盛典。……以至万年寺周围的白龙洞、灵官楼、清音阁、净水寺等禅院设置的近两千个铺位，不到一个月的时间即告满员。”[3]
“万年寺原名白水寺，又名无梁殿或砖殿。砖殿是建筑史上的一件珍品，四方形，全殿无一梁一柱，墙壁、斗拱、窗棂全用砖砌成。殿高十六米，长宽各十四米，锅儿顶（圆顶）下砌有数层横台，供有铁佛三千、罗汉五百。因供在顶上，佛像小，往往不为人所注意。殿正中九米高的普贤菩萨骑白象铜像，头戴五佛金冠，身披袈裟，手执如意，十分庄严。要在这尊菩萨肚里装经并非易事。装经不是将一百廿部藏经塞进空心铜像肚内，那么就太容易了。能海上师为普贤装经根据祖师装经的规矩，要把那一卷卷佛经，分成一页一页的，每一页里成一个小小经卷，再用红黄蓝白青靛紫七色丝线依次缠绕，每色丝线各占七分之一，一部藏经以八百页计，一百廿部藏经就有九万六千个经卷，每人每天缠绕二十多只，也要费工时四千个才能完成。其工作量之大，是可想而知的。而且在缠绕经卷的两头、还要用小楷毛笔为经卷编注号码，又是一件极为细致的事，千多名佛门弟子辛苦了近半个月时间，才将一百廿部藏经制作完毕。”[4]
“五月初，能海上师为前来参加装经盛典的僧侣、居士讲了三天的《普贤行愿品》。到了五月八日这天，无梁殿四周香烟缭绕、鼓乐齐鸣。十八张供桌上铺上猩红毡桌围，摆满香花供果，四周的供桌上燃起了四千九百盏酥油铜灯、九千八百盏红花净水，称为‘一灯二水’，供奉普贤。
“普贤菩萨两侧早已搭好木架、木梯，铺上红毡，供装经的佛门弟子捧经而上。晨九时，能海上师由普超、先学、照通、永光四位法师陪同，由沙弥执檀香炉引路来到无梁殿前，能海上师向普贤菩萨跪拜诵经、拈香入炉。这时有两个体魄健壮的年轻和尚，身著黄色小褂，缓步登上普贤坐骑白象背上，从普贤菩萨背上揭下一块重约百斤的方形青铜盖板，普贤菩萨像背后立刻出现深难见底的黑古隆冬的窟窿。两个僧人爬进普贤菩萨腹中，燃起了酥油灯，装经准备工作才告完成。
“普超双手合十向能海上师道：‘请尊师装经。’能海上师合十谢了普超。早有比丘僧将盛着经卷的描金漆盘捧给能海上师。时年六十四岁的能海上师接过漆盘，稳步拾级而上，走上约三米高的大象背，将经卷在头顶顶礼三次交给站在洞口的和尚，再由和尚将经书传进佛肚内。装经和尚将经卷依次堆码。能海上师装经后，弟子们依次捧经走上高台。整个装经过程足足花了六个多小时才算结束。其间全场无声，气氛异常肃穆庄严，让人感到一种强烈宗教的精神力量。……装经后，能海上师修了三天某个法轨，这次普贤装经，才算功果圆满。”[5]
根据《能海上师传》记载，一九四九年，“是年峨山砖殿修造将竣，师率四众在新修之慈圣庵安居。由融空照通师负责，筹备装藏，每日四座供养仪轨，二座《毗卢》。自恣后，装藏开光，砖殿彩画一新，普贤圣像全身贴金，面部泥金，极尽庄严。讲《普贤行愿品》圆满后，又应请到嘉定了性洞及重庆讲经。然后回近慈寺传戒。”
能海上师一生于各处广树法幢，所住持的道场约十余处，但几乎各处道场皆是修缮旧庙古寺而成，以师之功德建造新庙并非难事，然修复扩展旧有道场确为本怀。能海上师也曾言：“人皆去造新庙，谁来修旧庙？”
[1] 《能海上师传》
[2] 《峨嵋山万年寺普贤菩萨装经纪》，徐伯荣
[3] 《峨嵋山万年寺普贤菩萨装经纪》，徐伯荣
[4] 《峨嵋山万年寺普贤菩萨装经纪》，徐伯荣
[5] 《峨嵋山万年寺普贤菩萨装经纪》，徐伯荣